黄体功能不全的治疗最常用的方法是补充体内孕酮的不足，一般用黄体酮肌肉注射和安宫黄体酮口服，也可以用绒毛膜促性腺激素促进黄体功能。
中医则认为肾阴虚宜滋补肾阴，止血调经；肾阳虚表宜治肾壮阳，调理冲任；肝经郁热宜疏肝清热调经。
